Zaman gazetesinin haberine göre, 2,5 yıllık soruşturmanın ardından 70 sayfalık iddianame hazırlayan savcılık, resmen MİT\'i suçladı. Ömer Güney\'in MİT üst düzey yöneticisi K.T. ile irtibatlı olduğu, ancak Ankara\'nın bu şahısla ilgili bilgi talebine cevap vermediği belirtildi. İddianamede şu ifadeler yer aldı: “Çok sayıda kanıt MİT\'in, suikastın hazırlanmasında ve işlenmesinde dahli olduğu şüphesini güçlendiriyor. Ömer Güney\'in casusluk faaliyeti yürüttüğü ve Türkiye\'de gizli şekilde irtibat kurduğu çok sayıda ajan olduğu tespit edildi.”
Paris Savcılığı 2013 yılından bu yana devam eden soruşturmanın Ömer Güney\'in “casusluk faaliyetlerinde bulunduğunu ve Türkiye\'de bulunan çok sayıda kişiyle gizli görüşmeler gerçekleştirdiğini ortaya çıkardığını” kaydetti. İddianamede “Çok sayıda kanıt MİT\'in suikastın hazırlanmasında ve işlenmesinde dahli olduğu şüphesini güçlendiriyor. Ömer Güney\'in casusluk faaliyeti yürüttüğü ve Türkiye\'de gizli şekilde irtibat kurduğu çok sayıda ajan olduğu tespit edildi.” ifadeleri yer aldı. Eylül ayında başlaması beklenen davada Güney tek zanlı olarak mahkeme karşısına çıkacak.
7 Temmuz\'da tamamlanan iddianame hakkında gizlilik kararı bulunuyor. Ancak Le Monde gazetesi dün iddianameye ulaşarak çarpıcı bilgiler paylaştı. Le Monde gazetesi Erdoğan\'ın 14 Mart 2014\'te suikastı Türk devletinin yaptığını kabul ettiğini belirtirken, MİT içindeki “paralel yapı”yı suçladığını hatırlattı. Erdoğan, Fransa\'nın Lyon şehrinde gerçekleşen seçim mitinginde ‘paralel yapı\'nın PKK\'yla barış sürecini sabote etmek amacıyla bu suikastı işlediğini iddia etmişti.
Le Monde gazetesi Erdoğan\'ın ‘paralel yapı\' tezinin çürütüldüğünü belirterek, “Erdoğan\'ın bu üçlü suikastla kendisi arasına mesafe koyma çabaları 14 Ocak 2014\'te yayınlanan MİT\'e ait bir iç yazışmayla boşa gitti.” ifadelerini kullandı. 14 Ocak\'ta MİT\'e ait olduğu iddia edilen bir belge Türk basınında yayımlanmış ve Güney\'in 4 MİT çalışanıyla ilişkisi olduğu iddia edilmişti. ‘Gizli\' ibareli ve ‘arz notu\' başlıklı belgede saldırının asıl hedefi olduğu yorumları yapılan Cansız\'ın ortadan kaldırılması için 6 bin Euro ödeme yapıldığı kaydediliyordu. Bu belgenin yayımlanmasından iki gün önce ise Güney\'e ait olduğu iddia edilen bir ses kaydı da internet ortamında paylaşılmıştı. Kayıtta, MİT mensubu oldukları öne sürülen iki kişi, Güney ile cinayet planlarını konuşuyordu.
Fransa\'da yürütülen soruşturma, bu ses kaydı ve MİT\'e ait olduğu iddia edilen belgenin ardından yön değiştirdi. Fransız adli polisi, Güney\'e ait ses kayıtlarının “çok büyük ihtimalle” gerçek olduğunu belirledi. Soruşturmanın yönünü değiştiren ilk gelişme internete düşen Ömer Güney\'in ses kaydı olurken, ikinci büyük gelişme Güney\'i hapishanede düzenli ziyaret eden Almanya\'da yaşayan Türk vatandaşı Ruhi Semen\'in evine yapılan baskın oldu. Ruhi Semen\'in düzenli şekilde Ömer Güney\'i ziyaret etmesi üzerine Fransız savcılığı hapishanedeki konuşmalarını dinlemeye aldı. Konuşmalarda MİT\'in “Anne” kod adıyla anıldığı anlaşılırken ajanlardan da takma isimleriyle bahsedildiği ortaya çıktı.