Daha sonra Granma gemisiyle Küba'ya giden Che, Küba devriminin önderlerinden biri haline geldi. Devrimden sonra Küba'da La Cabana Kalesi Komutanlığı, Milli Tarım Reformu Enstitüsü Başkanlığı, Küba Milli Bankası, Sanayi Bakanlığı gibi çeşitli görevler alan Che, sonraları ‘devrimin diğer ülkelere yayılması gerektiği' düşüncesiyle Küba'dan ayrılma hazırlıklarına başladı.

İlk olarak Kongo'ya giden Che, burada yaşanan başarısızlık sebebiyle, öldürüleceği yer olan Bolivya'ya geçti. Bolivya'da da çeşitli başarısızlıklarla karşılaşan Che, 9 Ekim 1967'de CIA ve Amerikan Ordusu'na bağlı Özel Harekat Birlikleri tarafından yakalanarak yargısız infaz sonucu öldürüldü.

Che'nin, öldürülmeden kısa süre önce, kendisini öldürmek için görevlendirilen Bolivyalı askere söylediği "Buraya beni öldürmeye geldiğini biliyorum. Vur beni korkak, yalnızca bir adam öldürmüş olacaksın" ifadeleri, onun son sözleri oldu.